Dans un avenir lointain, le gouvernement japonais a créé la Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing School, dédiée à instruire et à encourager la génération de personnes qui soutiendront le pays à l’avenir. Les étudiants bénéficient d’un degré élevé de liberté afin d’imiter au plus près la vie réelle.
L’histoire suit le point de vue de Kiyotaka Ayanokōji, un garçon calme et sans prétention qui n’est pas doué pour se faire des amis et préfère garder ses distances. Il est un élève de la classe D, où l’école se débarrasse de ses élèves inférieurs. Après avoir rencontré Suzune Horikita et Kikyō Kushida, deux autres élèves de sa classe, la situation de Kiyotaka commence à changer.
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